明朝政府对外來穆斯林采用同化政策。朱元璋推行民族同化政策，蒙古人、色目人同族不得自相嫁娶的诏令，洪武六年闰十一月颁定《大明律》时，将此诏收入其中，强行推行。与此同时，朱元璋又下诏“复衣冠如唐制”，对蒙古、色目等少数民族的“辫发椎髻、胡服、胡语、胡姓一切禁止”。在这种政策下，留居中國的回族人，逐漸和漢人融合，以漢話為母語，改為漢姓，不少清真寺亦貌似中國建築，但這些族群依然保留着伊斯蘭信仰，后来，由于大量的回族人在中国经过与汉族以及蒙古族长期的姻亲交往，相互融合，逐漸形成今日的回族前身。
清朝對於不同民族和宗教採取「分而治之」的政策。康熙四十八年赐进士出身通议大夫兵部侍郎鹿佑为《天方典礼》序文中称：“其微言妙义，切实渊深；天机人事，节目井然。……夫然后知清真一教，不偏不倚，直与中国圣人之教理同道合，而非异端曲说所可同语者矣。”礼部侍郎徐元正讀完《天方性理》亦稱：“言性理恰与吾儒合；其言先天后天，大世界小世界之源流次第，皆发前人所未发，而微言妙意视吾儒为详，……则是书之作也，虽以阐发天方，实以光大吾儒。”
雖然清朝有不少士人開始研究伊斯蘭教，翻譯古蘭經。但當時清朝政府對於伊斯蘭教採取較為壓制的態度。1862年至1877年間陝西、甘肅、青海等地發生大規模回族穆斯林的武裝反叛和對汉民等非穆斯林族群的屠殺，清廷擔憂回民反叛勢力顛覆其統治，於是進行強力鎮壓，最終平定了西北一帶的回民叛亂，招安了回民反叛勢力。清末，清朝西北一帶的陕西省和甘肃省（包括今天的甘肃省，宁夏回族自治区，青海省部分地区）发生了同治陕甘回变，共導致了至少两千万平民喪生（見同治陕甘回变）。同時，清朝西北一带的回疆也發生叛亂，清廷恐怕沙俄會趁機將勢力滲入中國回疆，派左宗棠平亂，最終正式建立新疆省。
中华民國時期，孫中山提出五族共和，军阀馬家軍（馬步芳及其家族）在西北地方为第一大军阀。
中华人民共和国成立后，在文革期間，伊斯蘭教和其它宗教同樣受到巨大的災劫。不少清真寺都被紅衛兵破壞[3]。1975年，在云南爆发了回族武装反叛事件，遭当局镇压。后被称为沙甸事件。1978年之後，中国政府放宽了對伊斯蘭教的管制，現時中國的伊斯蘭教稍微有復興的趨勢，在各大城市有不少清真寺以及回族人聚居，而聚居在新疆、甘肅、寧夏等地的維吾爾、塔塔爾等族大部份都信奉伊斯蘭教。
2020年10月12日，中共中央统一战线工作部发布“伊斯兰教朝觐事务管理办法”，规定除中国伊斯兰教协会以外，任何人不得组织朝觐活动。该办法于2020年12月1日起开始实施[4]。